Un studiu recent a identificat peste 13.000 de gene prezente în toate speciile de ierburi, oferind un instrument valoros pentru cercetătorii care studiază aceste plante cu importanță economică și ecologică semnificativă.
Această analiză, publicată în revista Bioinformatics Advances, a utilizat date genomice de la 16 specii de graminee secvențiate complet, disponibile în baza de date Ensembl Plants.
Cercetătorii au identificat 13.312 grupuri de gene, considerate „universale” datorită prezenței lor în toate ierburile și a gradului ridicat de conservare și similaritate. Această conservare sugerează că aceste gene îndeplinesc funcții esențiale, comune tuturor gramineelor.
Validitatea acestor descoperiri a fost confirmată printr-un test suplimentar, care a demonstrat că 98,8% dintre aceste grupuri de gene se regăsesc și în genomurile altor două clade majore de graminee, care nu fuseseră incluse în analiza inițială.
În plus, studiul a identificat 4.609 grupuri de gene posibil implicate în funcții specifice monocotiledonatelor, commelinidelor sau gramineelor. Această descoperire reprezintă un pas important în înțelegerea evoluției trăsăturilor care au contribuit la adaptarea acestor plante.
Un aspect important al cercetării este utilizarea unui model statistic, Modelul Markov Ascuns (HMM), care permite identificarea celor mai conservate regiuni ale genelor, considerate esențiale pentru funcționarea acestora.
Această metodă s-a dovedit superioară metodelor bazate pe similaritatea secvențelor, permițând o distincție mai clară între genele specifice anumitor linii evolutive și cele comune.
O bază de date, universal_grass_peps, a fost creată pentru a oferi informații despre conservarea genelor în cadrul familiei gramineelor și despre asocierea lor cu adaptări specifice.
Această resursă poate fi utilă cercetătorilor care studiază gene cu funcții necunoscute, oferind informații despre genele comune tuturor gramineelor și despre probabilitatea ca funcția lor să fie specifică acestei familii de plante. Dr
. Rowan Mitchell de la Rothamsted Research (Anglia), autorul principal al studiului, a exprimat speranța că această resursă va contribui la progresul geneticii gramineelor, inclusiv în eforturile de îmbunătățire a randamentului, a rezistenței la stres și a utilizării eficiente a nutrienților în culturi precum orezul, grâul și porumbul.
